Една от най-големите мистерии в българската история е къде се намират костите на Апостола на свободата Васил Левски. Приживе незрящата пророчица баба Ванга е заявила, че намерят ли се костите на Апостола, България „ке тръгне нагоре в развитието си“. Още в средата на миналия век е имало хипотеза, че предсказанието на великата пророчица ще се сбъдне. Но, уви… През 1956 г. са стартирали грандиозни строежи в центъра на столицата. Тогава е разкрита и древната църква „Света Петка Самарджийска“, която е датирана от ХІ век, а под нея лежи още по-антична римска гробница от ІV век.
Комунистите са искали да разрушат храма, но за щастие на всички това не е станало. В този момент до олтара в църквата е открит тайнствен гроб, който носи името № 95. В него са открити човешки останки, които лежали в близост и на едно ниво с основата на олтарния камък. Костите били заснети, а после пренесени и в Националния археологически музей.
Днес истината може да излезе лесно наяве само след ДНК анализ или антропологичен анализ на скелета. Учените твърдят, че при обесване се получават травми в областта на гръбначния стълб, което би бил сигурен признак за идентифицирането на останките. Друга версия посочва, че гробът, който е доверила леля Ванга на свой приятел, се намира в църквата „Свети Николай Чудотворец“ в столицата. Според историци в София има няколко храма, в които е възможно да е бил погребан Апостолът, но само един е в близост до мястото, където е била бесилката и е функционирал по време на турското робство. Това е параклисът „Свети Николай“ на ул. „Цар Калоян“.
Според тази теория свещеникът, който е служил там, се е погрижил за тялото на Дякона. В деня на обесването му той е погребал тялото на Васил Левски с кръст в ръцете, под стълбището, което е водело към самия храм. Църквата е била вкопана в земята, тъй като такива са били изискванията на османските власти да не се строят високи църкви.