През 1936 г. Мара се запознава с Тодор Живков, който е секретар на партийната организация в кв. „Коньовица“ в София. Той е пленен от амбициозната студентка и до края на живота си се отнася с изключително уважение към нея. Тя е средна на ръст, с мек поглед и усмивка и със силен аналитичен ум. Не е ясно какво е намерила Мара в бедния и ограничен правешки младеж, но е явно, че двамата наистина са се събрали по любов.
След завършване на университета Мара Малеева започва работа като участъков лекар в с. Дъскот, Великотърновско, близо до Павликени. Тук се премества и Тодор Живков и двамата започват да живеят заедно в „незаконно съжителство“ още преди да са сключили брак. Скоро обаче общинските власти се намесват и младите се венчават на 8 февруари 1939 г. в църквата „Рождество Богородично“ в Павликени. Така почти неизвестният треторазреден партиен функционер се свързва с потомствената интелектуалка с висше образование и отлична обща култура. Още от началото на брака е ясно, че Мара превъзхожда съпруга си в много отношения и той трябва да работи упорито, за да наваксва както в образованието си (не е завършил дори основно и, благодарение на съпругата си, успява да вземе матура чак на 30 години), така и във възпитанието и в държанието си в обществото.
На 30 ноември 1939 г. Мара Малеева е преместена в с. Лесичово – Малката Москва, Пазарджишко. Следват нови назначения в селата Правец, Маджаре и Говедарци. Навсякъде тя работи от рано сутрин до късно вечер. Обикаля селата и никога не отказва, когато някой я вика да види болен. И макар че се издържа от лекарската си професия, не взима пари от бедните. Хората я обичали и я наричали просто „нашата лекарка“.
На 26 юли 1942 г. Мара Малеева ражда първото си дете – Людмила, която в бъдеще ще направи забележителна кариера в сферата на българската култура. Дава й името на прославената тогава украинска снайперистка Людмила Павличенко.
Мара Малеева и Тодор Живков с Людмила и зетя Иван Славков, който е гушнал бебето Малък Тошко. В кадър са каката Жени и вуйчо Владко
От юни 1943 г. Тодор Живков е член на щаба на Първа въстаническа оперативна зона и пълномощник в партизанския отряд „Чавдар“. Често се налага Мара Малеева да му помага, като лекува болни, партизани и нелегални, осигурява медикаменти и превързочни материали – рискована дейност в тогавашните условия, когато в страната е пълно с германски войски.
След 9 септември 1944 г. Тодор Живков започва работа в Народната милиция в София и премества семейството си там. Мара Малеева е назначена в Първа вътрешна клиника на Висшия медицински институт, където полага основите на безплатната медицинска помощ. Има прекрасна възможност да се отдаде на научна кариера, но се отказва, за да се посвети на семейството си.
През 1952 г. Мара Малеева ражда второто си дете – Владимир. За разлика от сестра си, той не блести с нищо и остава почти неизвестен за широката публика. От началото на 60-те години Мара Малеева се посвещава изцяло на семейството си и на съпруга си, който прави бърза кариера в партията и в държавата, достигайки до постовете първи секретар на ЦК на БКП, министър-председател и фактически държавен глава като председател на Държавния съвет.
Мара Малеева има голяма роля за израстването на съпруга си. Значително по-интелигентна и духовно пo-извисена от него, тя го учи как да държи речи и най-често го кара да ги чете на глас, преди да ги произнесе. Заема се и с възпитанието му – учи го как да контактува с посланици и дипломати, как да държи ножа и вилицата, препоръчва му книги, за да се самообразова, дава му съвети как да постъпва в определени ситуации. Тя става първата съпруга на комунистически лидер у нас, чието име и снимка са публикувани в българските вестници.
Малеева не притежава чара и лукса на първите дами от западните държави, не носи накити и украшения и не води светски живот, но историята я помни като една от най-интелигентните, ерудирани и културни съпруги на управниците на България. Тя често придружава Живков в чужбина, предварително се подготвя за особеностите и културата на съответната държава и участва активно в срещите и разговорите. Говори добре френски, който по това време е смятан за езика на дипломацията.
По много въпроси Малеева дава разпореждания вместо съпруга си. Тя се грижи не само за стотиците писма, които всекидневно получава от хора, станали жертва на някаква неправда, но и за голяма част от кореспонденцията на Живков. Отговаря на жалбите и търси решения на проблемите. Делова и отзивчива, Мара Малеева с нищо не показва, че е „първа дама“. Един от тогавашните сътрудници на Тодор Живков – поетът Димитър Методиев, си спомня, че тя често присъства в кабинета на съпруга си по време на срещи, но стои в сянка. Когато се налага да направи бележка, винаги предварително се извинява. „Но ние, сътрудниците на първия секретар, знаехме, че преди да седнем след закуската в хола, те двамата са седели горе, в техния апартамент, и върху страничките, които държи в ръцете си другарят Тодор Живков, са отразени и нейните мисли и бележки“, споделя поетът.
Деликатно, но твърдо, Малеева успява да въздържа Живков от някои непремерени действия и решения. Това се отнася особено до назначаването на членове на фамилията на високи постове. Съзнава, че той трябва да бъде предпазлив и да не дава поводи за обвинения в семейственост. И това е така до смъртта й.
През 1969 г. Малеева се разболява от рак на стомаха. Като лекарка, тя отлично осъзнава ситуацията, но не се оплаква, въпреки че често изпитва нечовешки болки. Умира на 23 октомври 1971 г. на 60 години. Само два месеца по-късно, на 31 декември 1971 г., Тодор Живков издава указ за назначаването на дъщеря си на поста заместник-председател на Комитета за приятелство и културни връзки с чужбина. Както твърди дългогодишният му сътрудник Нико Яхиел, с кончината на Мара Малеева изчезна критичното начало в най-близкото обкръжение на Живков.
В историята Мара Малеева остава с добро, особено след всичко, което се излива върху семейството след 10 ноември 1989 г. Живков никога повече не се жени. Според слуховете той казвал: „Любовници винаги ще има, но съпругата остава една”.
